Ingeniøren følger løbende den landsdækkende udskiftning af de gamle fysiske togsignaler med de digitale systemer ERTMS til fjernbanen og CBTC til S-togene, som med en samlet pris på 23 milliarder kroner udgør danmarkshistoriens største jernbaneprojekt. Til gengæld forventer myndighederne, at de nye signaler vil fjerne 80 procent af de forsinkelser på fjernbanen, der skyldes signalfejl, mens forventningen er 50 procent for S-banen.
Ingeniøren har i mere end 100 artikler sat fokus på de problemer og risici, der er forbundet med at installere det nye system i tog og langs skinner landet over. Herunder, hvordan Danmark som det eneste land har valgt at udrulle det nyeste version af ERTMS, før det er færdigudviklet.
Signaludskiftningen skulle oprindeligt være afsluttet på landsplan i 2021. Men den forventede afslutning er blevet udskudt flere gange, senest helt til 2030. Projektet er samtidig blevet fordyret med flere milliarder kroner. Rigsrevisionen har kritiseret både Banedanmark og Transportministeriet for deres håndtering af sagen. Politikere og eksperter har kritiseret Banedanmark for ikke at have oplyst Folketinget tilstrækkeligt om risikoen ved det ufærdige system forud for den politiske beslutning om at udskifte landets togsignaler.