Få de daglige nyheder fra Version2 og Ingeniøren. Læs mere om nyhedsbrevene her.

close
Ved at tilmelde dig accepterer du vores Brugerbetingelser, og at Teknologiens Mediehus og IDA-gruppen lejlighedsvis kan kontakte dig om arrangementer, analyser, nyheder, tilbud mm via telefon, SMS og email. I nyhedsbreve og mails fra Teknologiens Mediehus kan findes markedsføring fra samarbejdspartnere.
Vores dna bloghoved

Trin 1 var ambitiøst, på trin 2 skal der høstes

Det er en stor bedrift Genome Denmark har udført med kortlægningen af det danske referencegenom. Det er meget visionært både af forskerne og Højteknologifonden og nu Innovationsfonden at støtte et sådant projekt, som er et af de største life science forskningsprojekter for tiden i Danmark. Det skaber nemlig grobund for langt større visioner, som jeg vender tilbage til. Men først kort om hvad det er, Genome Denmark har gjort og konkluderet.

Trin 1

Langt overvejende sker al DNA sekvensering med lav dybde dvs. hvert område på genomet bliver kun sekvenseret i gennemsnit 4-5 gange eller med medium dybde dvs. i snit ca. 30 gange. Dertil er der mange, der kun sekvenserer de områder af genomet, der indeholder gener, der koder for proteiner, hvilket kun udgør 1-2% af genomet.

Det siger sig selv, at den form for ”budgetforskning” ikke giver de store opdagelser, da nøjagtigheden ikke rækker til de helt store konklusioner. Men Genome Denmark har sekvenseret 120 hele genomer med en imponerende dybde på 52 gange og for at give det yderligere styrke har man valgt at udføre analysen som en trio analyse. Ved en trio analyse sekvensbestemmes begge forældre og deres fælles afkom. Som udgangspunkt skal den DNA-sekvens der findes i afkommet, kunne genfindes i mindst en af forældrene, hvorved der indbygges en kontrol af den fundne DNA sekvens.

Imponerende er tillige, at forskerholdet har formået at sammensætte et nyt dansk referencegenom baseret på de 120 genomsekvenser. I princippet har man udelukket al forudgående viden om kromosomernes opbygning og startet helt forfra, hvorved man har opdaget ikke mindre end 589.000 nye strukturelle genetiske varianter i danskernes fælles genom.

Relevant er det, at Genome Denmark fandt ”loss of function” i mellem 174-215 gener per individ og af disse var 38 til 59 ”loss of function” defekter homozygote, hvilket betyder, at der ikke er et funktionelt gen til at varetage den givne biologiske funktion.

Da studiet giver mulighed for at sammenligne afkommets DNA med forældrenes DNA, kan det estimeres, at der opstår ca. 73 mutationer ved hver generation og det ses tillige at mutationsraten er positivt korreleret til faderens alder (i størrelsen 2 ekstra mutationer for hvert år faderen bliver ældre! Husk det piger, find jer en ung mand).

Trin 2 er der, hvor der skal høstes, men det bliver dyrt

Hvis trin 1 var ambitiøst, så er trin 2 langt mere ambitiøst. For hvis trin 1 skal omsættes til værdi for det danske samfund og danske patienter, så er det nu, der skal investeres adskillige milliarder af kroner. Som netop beskrevet i min sidste blog, så er viden om gener, deres varianter og den biologiske konsekvens af sådanne genetiske varianter rigtig mange penge værd (se også min blog på mandag). På trin 2 skal der sekvensbestemmes minimum 100.000 danskere og samkøre dette med sundhedsrelevant information inklusiv livsstilsparametre.

Viden om hvordan genetikken måske i samspil med miljøet styrer sygdomsudviklingen og hvordan genetiske varianter influerer på, hvilken behandling der virker og ikke virker, er grundlaget for en helt ny type ”genomics industri”, hvor værdien består i at beregne og visualisere brugbare genetiske varianter. På verdensplan ser vi en sådan viden søgt tilvejebragt for at forebygge og forbedre behandlingen af cancer, hjertekar sygdomme, mentale lidelser, metaboliske sygdomme, sjældne sygdomme og meget mere.

Teknisk er det ikke svært eller specielt dyrt at fremskaffe den nødvendige genetiske information. Det er derimod meget kompliceret og meget dyrt at fremskaffe høj kvalitet i den kliniske information. Yderligere har de fleste forskere ringe mulighed for at spore den medicinske historik, af såvel raske som patienter der indgår i flerårige studier. For at gøre det hele mere vanskeligt er de fleste befolkninger relativt heterogene – tag f.eks. på den amerikanske befolkning - hvilket gør det svært at benytte det rette referencegenom.

I Danmark kan alt dette håndteres i en homogen befolkning og et socialt forankret og homogent sundhedssystem med tilknyttet unikt registreringssystem. Vi bør i Danmark dele ambitionen om i stor skala at samkøre DNA information med medicinske journaler fra raske såvel raske som syge danskere (dette kan gøres langt bedre nu, hvor vi har det danske referencegenom). I Danmark burde industri, de store fonde som Novo Nordisk Fonden, Lundbeck Fonden mv, Innovationsfonden og det danske sundhedssystem gå sammen i et stort offentligt–privat samarbejde og føre denne vision ud i livet. Samarbejdet bør være præ-kompetitivt og resultaterne bør stilles frit til rådighed.

Ved at stille data til fri anvendelse, vil vi se en opblomstring af den spæde genomiske industri i Danmark og vi vil se internationale venture fonde og farmaselskaber investere i regionen for at tage del i det meget store kommercielle potentiale.

I den moderne genomiske industri er der ikke behov for at patentbeskytte sådanne opdagelser, da patenter på genetiske varianter alligevel ikke kan håndhæves (hvis de udstedes), da alle nemt selv kan udføre DNA sekvensanalyse. Beskyttelsen består derimod i de processer, der analyserer data og præsenterer data for de relevante f.eks. de behandlende læger eller den farmaceutiske industri. Den genomiske industri er en industri, der passer rigtig godt til Danmark, da værdien skabes på basis af kompleks information med tilhørende dataanalyse og ikke ved produktion af et givent fysisk produkt.

Selv om det er åbenlyst og oplagt at føre trin 2 ud i livet, så føler jeg mig ikke overbevist om, at det vil ske. Desværre har vi et sundhedssystem og et offentligt forskningssystem, hvor man meget gerne vil ”eje” og kontrollere kohorter (f.eks. patientgrupper samt den tilhørende information). Det er en forudsætning, at vi har en god og ærlig kommunikation sygehusene imellem og mellem sygehusene og universiteterne.

På toppen af dette tror jeg ikke, at det politiske system har modet til at føre visionen ud i livet – der er alt for meget fokus på diverse problemstillinger som datasikkerhed, etik osv. Vi skal kunne se ud over disse udfordringer for at kunne se visionen. I stedet skal vi have fokus, på de patienter der lider.

Tillige synes jeg ikke, at debatten om hvor vi vil hen med det danske samfund og det danske sundhedssystem helt rummer plads til de store visioner. Politisk tror jeg ikke, at man fuldt forstår de kommercielle muligheder. Tiden er yderst kritisk – hvis ikke vi gør det nu, så er der andre, der gør det: England er i gang med at sekvensere de første 100.000 englændere.

På Exiqon skal vi nok omsætte trin 2 til arbejdspladser, eksport og skattekroner.

Artiklen fra Genome Denmark om det danske referencegenom kan downloades her. Er en OPEN access artikel.

sortSortér kommentarer
  • Ældste først
  • Nyeste først
  • Bedste først