Virusforsker fra SSI har fundet overraskende nem løsning på testproblem
more_vert
close

Få de daglige nyheder fra Version2 og Ingeniøren. Læs mere om nyhedsbrevene her.

close
Ved at tilmelde dig accepterer du vores Brugerbetingelser, og du accepterer, at Teknologiens Mediehus og IDA-gruppen lejlighedsvis kan kontakte dig om arrangementer, analyser, nyheder, job og tilbud m.m. via telefon og e-mail. I nyhedsbreve, e-mails fra Teknologiens Mediehus kan der forefindes markedsføring fra samarbejdspartnere.

Virusforsker fra SSI har fundet overraskende nem løsning på testproblem

Illustration: Statens Serum Institut

Flere lande oplever ifølge Statens Serum Institut mangel på reagenser til de tests, der skal vise, om befolkningen er smittet med virussen SARS-CoV-2.

Men nu har instituttets overlæge Anders Fomsgaard gravet i hukommelsen og fundet en helt lavpraktisk løsning på det problem.

Ifølge Ekstra Bladet drejer det sig om det første skridt i testprocessen, hvor man skal have isoleret virussens RNA fra prøven – og som traditionelt foregår på de store robotter fra bl.a. Roche med brug af særlige reagenser.

Men Anders Fomsgaard fortæller til avisen, at i gamle dage udførte man simpelthen opgaven ved at opvarme prøven fra svælget med lidt vand til 98 grader i fem minutter, så proteinerne gik i stykker og kun RNA’et blev tilbage.

»Det er som at koge et æg. Der er lidt MacGyver over metoden. Forskning møder opfindelser,« siger han til Ekstra Bladet.

Læs også: Faldende leverancer af testkit kan spænde ben for ny test-strategi

Kan hjælpe mange lande

Seruminstituttet skriver selv, at Anders Fomsgaards opskrift vil blive lagt ud online, så alle laboratorier kan benytte sig af metoden, ligesom den er sendt ud til laboratorier i hele Europa, som frit kan anvende den.

Desuden har SSI haft møder med de mikrobiologiske afdelinger på sygehusene her i Danmark, så de er blevet indført i metoden.

Der er i øjeblikket stor efterspørgsel efter kits til test, og i går måtte vi skrive, at Roche Diagnostics, som leverer maskiner og reagenser til hospitalslaboratorierne, ikke er sikre på, hvor mange testkit, der kan blive leveret til Danmark i den kommende uge.

Men med den nye og nemme varmemetode håber Statens Serum Institut altså nu, at testkapaciteten snart vil kunne øges, både i Danmark og i andre lande, der står og mangler reagenser.

Emner : Vira
sortSortér kommentarer
  • Ældste først
  • Nyeste først
  • Bedste først

Hvis det handler om at få testet store grupper for smitte og ikke kun folk med symptomer (og dermed høj sandsynlighed for en positivt test) og antallet af tests som kan udføres er flaskehalsen, kan man så ikke blande samples fra flere personer og udføre én test per gruppe? Så længe sandsynligheden for at være smittet er relativ lav, så kan man vel hurtigt udelukke store grupper med relativt få tests men samtidig kredse de få smittede ind? Hvis f.eks. 5% af testgruppen er smittet, så er der vel 0,95^5 = 77% sandsynlighed for at én test kan "raskmelde" 5 personer? Og der må derfor være 23% risiko for at have spildt én test, hvis alle 5 skal testes individuelt. Det kan så udvides til et "træ" så man blander flere grupper af flere omgange. Nogen må kunne regne på en sådan testmetode for at optimere brugen af de begrænsede tests, så vi hurtigere kan få testet et stort antal personer. Men hvis vi kun har tests nok til at bekræfte at folk faktisk er smittet, så hjælper det selvfølgelig ikke.

  • 22
  • 1

Teori er en ting - den virkelige verden ofte en helt anden. Test for Covid19 er desværre ikke et rent positiv/negativ svar. Alt efter virus titer kan patient prøver være problematiske. Dvs. så frem vi starter med a poole prøver vil svagt positive prøver potentielt fremstå som negative og dermed give en falsk trykhed.

En anden faktor er at alle test inkluderer en positiv kontrol for at RNA isolationen har været af en tilstrækkelig mængde og kvalitet. Ved pool af prøvemateriale vil dette ikke kunne lade sig gøre for den enkelte patientprøve.

  • 7
  • 0

Det bliver allerede afprøvet, se evt her:

Evaluation of COVID-19 RT-qPCR test in multi-sample pools

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/20...

“ Here, testing a pooling approach for the standard RT-qPCR test, we find that a single positive sample can be detected even in pools of up to 32 samples, with an estimated false negative rate of 10%. ”

Men 10% falske negative er nok ikke acceptabelt.

  • 1
  • 0

Videnskabshelt. Jeg anbefalede allerede for nogen uger siden hans bog herinde. Og hvis man hører P1- så er min anden videnskabshelt Peter Lund Madsen også i gang med daglige udsendelser på P1 om coronavirus og alt det andet. (Hjernekassen på P1). Mvh Tine A.

  • 4
  • 2

Det var faktisk også binær søgning, der fik mig til at tænke på, at det kunne gøres mere effektivt end at teste en-og-en. Men godt at se at gode folk allerede er på sagen.

Men det kunne være interessant at se nogen med erfaring inden for sandsynlighed udvikle en algoritme til optimering af testeffektivitet baseret på bl.a. udbredelsen af antal smittede i testgruppen. Så kan man hele tiden justere hvor mange samples, som kan samles i én test. Man kan jo f.eks. ikke bruge samme metode i Italien og Danmark.

Så opgaven er altså: Hvor få tests skal man statistisk set bruge for at finde alle smittede i en gruppe på x individer med y % smittede? Sæt i gang! :)

  • 0
  • 0

Det lyder ikke særligt svært at fremstille 98 grader varmt vand. Men hvorfor gør så fabrikanterne af testapater så så meget ud af det? Der må være en grund som ikke bliver fortalt i historien her!

  • 1
  • 1

Alternativ testmetode

Ideen synes at have muligheder. Jeg har skrevet om den i kommentarfeltet i en anden artikkel fra 22/3 (https://ing.dk/artikel/testleverandoer-afv... ). Da fik den en lunken modtagelse på Ing. Kommentartrådene er under titlen: "Man kan øge effektiviteten af". De artikler, der er kommet fra Israel, kan findes her: https://www.timesofisrael.com/to-ease-glob... og her: https://medium.com/@dinber19/more-with-les... Jeg har ikke kunnet gøre Anders Fomsgaard og SSI interesseret i pooling og binær søgning, trods skrevet til ham & SSI 26/2, 19/3 og 26/3. Dog har jeg ikke fået et egentligt svar hvorfor. Jeg synes metoden kunne være endda endnu mere velegnet nu, hvor oprensningsdelen kan forsimples ved opvarmning.

  • 3
  • 1

Da jeg arbejdede med GMO bakterier testede vi typisk 100 ad gangen ved at lave et 10 x 10 grid hvor testmateriale blev poolet i marginalen på hver dimension, så 10 pools i x og 10 pools i y retningen. Disse 20 tests kunne så vise koordinaten på den positive sample. Derved blev hver sample testet to gange (i to pools) med en faktor 5 reduktion i antal tests.

  • 0
  • 0
Bidrag med din viden – log ind og deltag i debatten