Rigshospitalet lægger filter på patienternes arvemasse
Fra nytår bliver det på Rigshospitalet en del af standardbehandlingen at tilbyde patienter, der formentlig lider af en arvelig sygdom, en kortlægning af deres fulde arvemasse.
Hidtil har man kun kortlagt gendefekter, som man ved, er knyttet til kendte sygdomme ved at kigge efter fejl i 5.000-6.000 gener ud af menneskets ca. 21.000 gener – svarende til én procent af genomets tre milliarder basepar.
Fremover kan lægerne se fejl i samtlige tre milliarder basepar.
Men reelt vil man stadig kun kigge efter genfejl i de gener, hvor man kan koble det til kendte sygdomme. Det forklarer Elsebet Østergaard, der er overlæge på Rigshospitalet og formand for Dansk Selskab for Medicinsk Genetik.
Når man vil bruge dette ’filter’, er det for at sikre sig mod at komme ud på tynd is, hvor man ikke kan bruge data til noget.
»Problemet er, at vi alle har rigtig mange varianter. Og det vil være for vanskeligt i diagnostikken at tolke på varianter, hvor man ikke ved, hvilken sygdom det er koblet til. Så man skal i dag mest betragte sekventering af hele genomet som data til brug i forskningsprojekter, hvor man leder efter genfejl, der er årsag til andre sygdomme, end dem vi kender til i dag – og ikke i den daglige klinisk diagnostik,« siger Elsebet Østergaard.
Umuligt at tolke på alle varianter
I dag rapporterer lægerne stort set aldrig noget, som ligger ud over kendte sygdomsgener, fordi man ikke ved, hvilke af de mange varianter, der er årsag til sygdommen.
»I praksis vil det på nuværende tidspunkt være umuligt at tolke på varianter i gener, der ikke er knyttet til en kendt sygdom. Ingen ved, hvilke basevarianter i resten, der betyder noget, og det ville være en jungle at finde ud af det. Det ville i hvert fald kræve, at man har adgang til opfølgende undersøgelse i cellekultur med mere. Det gør man i forskning, men ikke i den daglige diagnostik,« forklarer overlægen.
Det betyder også, at hvis en patient f.eks. lod et privat firma kortlægge arvemassen, ville firmaet heller ikke kunne give andre svar end sygehuset.
Meget bedre data til forskning
Forskningsmæssigt giver helgenom-sekventeringen dog store muligheder.
F.eks. forsker Elsebet Østergaard selv i mitokondriesygdomme. Mitokondrierne producerer energi til cellerne og dermed til det meste af kroppen. Patienterne har problemer med energistofskifte, og flere organer kan være påvirket samtidigt.
Lægerne har en genliste over ’kandidatgener’, der sandsynligvis har betydning for mitokondriefunktionen. Her har Rigshospitalet også fundet patienter med genfejl i netop de gener.
»Og der kan kortlægningen af disse patienters arvemasse – anonymiseret - bidrage til en større forståelse, fordi data kan indgå i store databaser, hvor man på tværs af landegrænser kan se mønstre, der samlet hjælper med at forklare sygdommene. Men det kræver, at man har en specialviden inden for lige det felt,« siger Elsebet Østergaard.
Bedre information om det kendte
Selv om man med helgenomsekventeringen som udgangspunkt ikke åbner for noget, som man ikke allerede åbner for i dag, mener lægerne, at de alligevel får bedre information omkring det enkelte gen, fordi man kigger ’længere ud’ i genet.
I dag trækker man den ene procent basepar ud af genet ved hjælp af molekylærbiologiske teknikker. Men den nye teknologi med helgenom-sekventering er bedre til at fange varianter i kopiantallet af generne, som typisk vil ligge på to. Men der kan mangle dele af generne, eller noget er duplikeret, hvilket også kan være årsag til sygdom.
»Vi formoder, at kvaliteten af data bliver bedre. Så formentlig vil vi kunne diagnosticere lidt flere patienter med helgenom-sekventering i forhold til i dag. Men det er ikke sådan, at vi forestiller os, at det øger tallet meget. Men samtidig udvikler teknologien sig hele tiden, apparatur bliver forældet, og det er den vej, som det går – mod billigere helgenom-sekventering« siger Elsebet Østergaard.
For at gøre forvirringen komplet er der jo også noget der hedder epigenetik, dvs. at dele af kromosomerne er deaktiveret, så man kan have genfejl uden at de overhovedet kommer til udtryk. Desuden kan epigenetik betyde, at miljøfaktorer kan ændre genernes udtryk så dele af generne bliver aktive eller inaktive.
Der er meget vi ikke ved endnu!