Ny algoritme kan forudse den næste coronavirus

Illustration: Liverpool University/PR

Gennem machine learning og viden fra biologien har en gruppe forskere udviklet en algoritme, der kan forudse, hvor den næste coronavirus kan komme fra. Forskningen blev publiceret i tidsskriftet Nature Communications i denne uge.

Det skriver BBC.

Algoritmen har allerede forudset flere potentielle værter til nye virusstammer, som ikke tidligere er blevet fundet.

Algoritmen kan ved at kombinere eksisterende vira, forudse, hvor der er størst sandsynlighed for, at en ny virus kan opstå.

»En måde de nye vira genereres på, er ved en rekombination af to eksisterende coronavira, hvor to vira inficerer den samme celle og skaber en »datter«-virus, som bliver en helt ny stamme,« siger Marcus Blagrove, som er virolog ved University of Liverpool og en af forskerne bag, til BBC.

Ud fra den logik kunne forskerne således udvikle en algoritme, der kunne spotte, hvilke vira og værtsarter, der med størst sandsynlighed kunne blive en kilde til en sådan rekombination.

411 stammer og 876 pattedyr

Ved at bede algoritmen om at finde frem til, hvilke pattedyr, der kunne være modtagelige over for allerede kendte coronavira, fandt den frem til forbindelser mellem 411 coronavirus-stammer og 876 potentielle pattedyrsarter.

Her var det afgørende at finde pattedyrsarter, der kunne rumme flere vira på én gang.

»Vi var i stand til at forudsige, hvilke arter, der med størst sandsynlighed kunne blive inficeret af flere former for coronavira. Enten fordi de er beslægtede med en dyreart, der er kendt for at kunne bære coronavirus, eller fordi de lever inden for det samme geografiske område,« siger Maya Wardeh, der også er en af forskerne bag, til BBC.

Her kunne algoritmen finde langt flere pattedyr, der kan være potentielle værter for nye former for coronavirus, end det tidligere har været muligt at finde.

Forskerne fandt blandt andet, at flagermusarten Hestesko-næse kunne bære hele 68 forskellige slags coronavirus, mens algoritmen forudså at arter som pindsvin, europæiske kaniner og dromedarer kunne være værter for en rekombination af Sars-CoV-2.

Vil forhindre den næste pandemi

Forskerne håber, at deres resultater kan bidrage til at målrette fremtidig overvågning af nye vira og muligvis bidrage til at forhindre, at der opstår en ny pandemi.

»Det er ikke nødvendigt at dæmonisere disse arter, men det er næsten umuligt at undersøge alle dyr hele tiden, og med vores tilgang bliver det muligt at prioritere og finde frem til, hvilke arter, man skal undersøge,« siger Maya Wardeh og påpeger desuden, at smitte af vira til mennesker primært er forbundet med handel af dyr og landbrug.

Ifølge forskerne ville det ideelle være at bruge algortimen til at finde de nye vira i det, de rekombineres.

»Hvis vi kan finde dem, inden de kommer ind i mennesker, så kan vi udvikle medicin og vacciner og dermed stoppe dem før de overhovedet når til mennesket,« siger Marcus Blagrove.