menu close Teknologiens Mediehus
person Konto arrow_drop_down
Når udstyr bliver småt og mobilt, skaber det nye potentialer. Og i øjeblikket tester forskere sekventeringsudstyr i lommeformat rundt omkring i verden - også langt væk fra det traditionelle laboratorium. Det skriver Nature i en artikel.
Engelske forskere pakkede i april tre dna-sekventeringsmaskiner i kufferten. På 12 dage lykkedes det forskerne fra University of Birmingham at teste 14 patienter for ebola. Turen var en del af European Mobile Laboratory Project, som er ved at bygge et dedikeret MinION-laboratorium på et behandlingscenter i Guinea.
Også italienske forskere har for nylig haft den lille lille USB-tilkoblede sekventeringsmaskine med i rygsækken. De har brugt minION til at sekventere dna fra en unik frø i regnskoven i Tanzania.
Resultaterne med den håndholdte MinION fra det britiske firma Oxford Nanopore Technolgoies er starten på en nye æra, hvor sekventeringsmaskiner ikke længere er tunge og tidskrævende, men i stedet kan tages med i rygsækken og foretages 'on the spot' ved at koble et lille device til en laptop via et USB-stik.
Potentialet for MinION har også fokus fra USA. I staten Maine ønsker en forsker fra MDI Biological Laboratory at kortlægge biodiversiteten i Acadia National Park.
I Cold Spring Harbor Laboratory i New York ønsker man at gøre apparatet yderligere mobilt ved at skabe en applikation, så MinION kan kobles til en iPhone i stedet for en computer.
Hos Nasa planlægger forskere at sende den MinION til den internationale rumstation ISS, hvor astronauter kan teste apparatets funktionalitet i vægtløshed. En idé, som kan være relevant for fremtidige marsmissioner.
Produktet har dog begrænsninger. Indtil videre kan MinION sekventere små gener, som bakterier og gær. Apparatet kan skelne mellem relaterede bakterier og virus, læse komplekse dele af det menneskelige genom og skelne mellem det samme gen på to forskellige kromosompar.
Dog er der stadig meget, som minION ikke kan. Amerikanske forskere estimerer, at det med den nuværende version af apparatet vil tage et år at sekventere det menneskelige genom. Desuden laver apparatet forsat fejlfortolkninger af dna-sekvenser 5-30 pct. af tiden, hvilket er væsentligt under niveauet for eksisterende fuldskala sekventering.
Forbedringer er dog undervejs. Bioinformaterikere i pilotprogrammet udvikler fejlkorrigerende metoder, som skal reducere den samlede fejlprocent.
Oxford Nanopore Technolgoies tester, udvikler og dokumenterer løbende MinION sammen med slutbrugerne i programmet MinION Access Programme (MAP). Deltagernes resultater lægges løbende ud på en fælles portal.
