Med bioinformatikerne på arbejde: Rigshospitalet overtager 30.000 vævsprøver til genetisk udredning


Nationalt Genom Center har kastet håndklædet i ringen og hidkaldt assistance til de planlagte 60.000 genomsekventeringer, som centret kun har leveret en brøkdel af.
Derfor skal Afdeling for Genomisk Medicin på Rigshospitalet i København spille en stor rolle, når det kommer til helgenomsekventering af danskeres arvemasse, som Ingeniøren skrev i sidste uge.
[box]
- emailE-mail
- linkKopier link

Fortsæt din læsning
- Sortér efter chevron_right
- Trådet debat
Imponerende men det er også frygtelig mange ressoucer (millioner) der bruges på det, og hvad er nytten af denne behandling/forskning. Det er som om ressourcerne er uendelige i sundhesvæsnet.
»Selv om vi finder årsagen, er det dog ikke sikkert, vi kan behandle sygdommen, men det kan alligevel være en hjælp for patienten at vide besked og måske også blive forsikret om, at det ikke er livstruende,...
Når data er klar på Risø, skilles de enkelte prøver fra hinanden, og i løbet af natten begynder en del af analyserne samt kvalitetstjek. Normalt ville en enkelt prøve kræve 30 dages beregninger på en enkelt computer, men fordi man på Risø har mulighed for at foretage beregningerne parallelt, bliver der for nogle trin benyttet hele 50 servere med 40 kerner i hver for hver enkelt prøve, så det hele tager under 40 timer.
Så med 2000 gange mere regnekraft opnår man knap 20 ganges reduktion i køretid?
Ironi kan forekomme, vi er jo danskere, men jeg kan ikke lade vær' med at undre mig:
- Har man valgt og implementeret algoritmer rigtigt?
- Har man valgt den rigtig hardware?
Det findes IBM systemer (z13, z14, z15 ...) med væsentlig mere cache end x86. Charles E Leiserson (MIT) har udviklet Cilk, som giver bedre parallelisering.