Kinesisk genanalyse: Tysk agurke-bakterie er en helt ny superstamme

Det kinesiske genominstitut BGI har hjulpet tyskerne med at få mere viden om den dødelige E.coli bakterie, der via fødevarer har hærget Nordtyskland den seneste tid.

Kineserne har i samarbejde med University Medical Centre Hamburg-Eppendorf sekventeret bakteriens genom og vurderet helbredsrisikoen. De kan afsløre, at der er tale om en helt ny super-giftig stamme.

BGI sekventerede bakteriens genom på tre dage efter at have modtaget DNA-prøver. Dette gjorde de ved hjælp af deres tredje generations sekventeringsplatform - Ion Torrent fra Life Technologies.

Helt ny stamme

Analyser afslørede, at denne E.coli er en ny stamme, der er meget infektiøs og giftig. Indledende sekvensanalyser indikerede, at bakterien er en EHEC serotpe 0104 E. coli stamme.

Men den dybere genomsekventeringen viser, at dette er en ny serotype, der ikke tidligere har været involveret i E.coli udbrud. Den såkaldte serotype afgøres af, hvilke antistoffer bakterien reagerer med immunologisk.

Komperative analyser viste, at bakterien deler 93 procent sekvenslighed med den EAEC 55989 E.coli streng, der blev isoleret i den Centralafrikanske Republik og kendt for at give alvorlig diarre.

Men den nye stamme har også gensekvenser, der ser ud til at være lig dem, der er involveret ved blødende tyktarmsbetændelse og hæmolytisk uræmisk syndrom (nyresvigt). Bakterien har muligvis optaget disse gener via horisontal genoverførsel fra en organisme til en anden uden at der er tale om nedarvning.

Analysen viste også, at den dødelige bakterie bærer på flere gener, der koder for antibiotikaresistens inklusiv modstand mod aminoglykosider, makrolider og Beta-laktam antibiotika, hvilket gør antibiotikabehandling ekstremt svært.

Hent gensekvensen her

Forskningsholdet vil fortsætte analysearbejdet og se nærmere på de sygdomsfremkaldende gener, deres udtryksprofiler og behandlingsmodstand. Herudover vil de se nærmere på genoverførselsmekanismerne og finde de stammer, som generne stammer fra.

Håbet er, at den nye viden om bakteriestammen og dens mekanismer kan føre til udvikling af behandling og tiltag, der kan stoppe udbruddet. Og BGI og deres samarbejdspartnere er gået i gang med at udvikle et diagnosekit.

Bakteriens genom har en størrelse på omkring 5.2 Mb og den nye E.coli stammes gensekvens er blevet uploaded til NCBI (SRA No: SRA037315.1) og kan også hentes her: ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/Ecoli_TY-2482.

Spanske agurker frikendt

Kilden til udbrudet er endnu ikke fundet. De tyske fødevaresikkerhedsmyndigheder og EU- kommisionen har konkluderet, at prøver af spanske agurker der var mistænkt for at være kilden ikke er smittet med denne E.coli. Også danske agurker er blevet frikendt.

Fødevarestyrelsen advarer derfor ikke længere mod spanske agurker, men fastholder ind til videre sin advarsel mod rå agurk, tomat og salat fra Nordtyskland.

Mindst 17 europæere er døde af infektioner med bakterien. I Danmark er 17 ramt - primært i forbindelse med rejser i Nordtyskland. Syv af den har nyresvigt.

Dokumentation

Hent sekvensen for bakterien her

sortSortér kommentarer
  • Ældste først
  • Nyeste først
  • Bedste først

Fødevarestyrelsen advarer derfor ikke længere mod spanske agurker, men fastholder ind til videre sin advarsel mod rå agurk, tomat og salat fra Nordtyskland.

Nu er de tyske grønsager jo også testet, og kilden er stadig ikke fundet! Er der taget prøver fra selve grøntterminalen i Hamburg? Hvad siger vandprøverne? Har der været uregelmæssigheder i transporten?

Bakterien har muligvis optaget disse gener via horisontal genoverførsel fra en organisme til en anden uden at der er tale om nedarvning.

Hvad betyder det? Bakterier formeres ved celledeling! er der tale om mutation via et mutagent stof eller vha. virus? Det er dog interessant at der skal hentes hjælp fra Kina.

mvh Jan

  • 0
  • 0

Bakterier deler sig, men de kan også udveksle genetisk materiale vha. de såkaldte plasmider. Det er en måde resistensgener kan sprede sig fra en bakterieart til en anden.

  • 0
  • 0

Hvad betyder det? Bakterier formeres ved celledeling! er der tale om mutation via et mutagent stof eller vha. virus? Det er dog interessant at der skal hentes hjælp fra Kina.

mvh Jan

De "gamle" farlige E.Coli - bl.a. E.Coli O104 - havde fået genet til produktionen af giftstofferne fra et virus. Det giver mulighed for, at nye typer kan opstå alle steder, hvor det virus er tilstede, da det åbenbart kan trænge ind i flere typer E.Coli, og da evnen til at fremkalde sygdom ("farligheden") kan forandres med forskellige værter for viruset.

  • For øvrigt enig i, at det er interessant, at kineserne var hurtigst med et genkort. Det bekræfter min antagelse om, at GMO-fobisternes kamp er tabt, før den rigtigt er begyndt. - Kineserne er meget langt fremme med genteknologi, og da de betragter det som statens ansvar at lægge grundlaget for kinesiske bønders muligheder for at afværge fremtidige sultkatastrofer i Kina, kommer der uden tvivl en lang række GMOer derfra, som man ikke kan beskylde for at være "drevet af hensynsløs profitbegær".

Mvh Peder Wirstad

  • 0
  • 0

Peder Wirstad:

Kineserne er meget langt fremme med genteknologi, og da de betragter det som statens ansvar at lægge grundlaget for kinesiske bønders muligheder for at afværge fremtidige sultkatastrofer i Kina, kommer der uden tvivl en lang række GMOer derfra, som man ikke kan beskylde for at være "drevet af hensynsløs profitbegær".

Du er da en sløj post-68er :) Hos de stadig rettroende parkeres dårligt udført socialisme som statskapitalisme.

  • 0
  • 0

Lars:

Du er da en sløj post-68er :) Hos de stadig rettroende parkeres dårligt udført socialisme som statskapitalisme.

Der er nok ikke mange "rettroende", der vil opfatte det nuværende kinesiske system som "socialistisk/kommunistisk.

Det kinesiske styre er ikke bange for at kalde Kinas system for en statstyret kapitalisme - noget tilmed de fleste vestlige lande ikke ville turde.

Kinesernes sociale system er kraftigt styret af filosofien om, at man ikke kan bekæmpe sult ved at give en fisk til de sultende - kun ved at lære dem at lave en fiskestang og lære dem at fiske.

Mvh Peder Wirstad

  • 0
  • 0

Håber ikke at det i sidste ende viser sig at være "Terorangreb" med baktologisk krigsførelse mod vesten..

Det tvivler jeg på - så ville mange flere, og på flere steder have været syge.

  • 0
  • 0

.....er alle venstreorinterede kapitalister........statskapitalister :o)

Jeg mangler stadig at møde en rettroende kommunist hvor overbevisningen ikke skyldes misundelse,opportunisme, narcicisme....og naiv dumhed.

  • 0
  • 0

Bjarke:

Jeg mangler stadig at møde en rettroende kommunist hvor overbevisningen ikke skyldes misundelse,opportunisme, narcicisme....og naiv dumhed.

Det tror jeg gerne. Tidligere var kommunister dog overvejende stærke mænd, der følte, de havde overskud til at forsøge at skabe et system, der for det første kunne sprede frugten af vor teknologiske revolution, så alle individer i "masserne" fik dækket deres behov, og for det andet kunne afskaffe korruption og kynisme, fordi "alles kamp MOD alle" var afskaffet til fordel for "alles kamp FOR alle". - I dag er ventreorientere domineret af "ængstelige damer". (Og nu udsætter jeg mig for en skidtkastning, som jeg bare dukker mig for uden at svare på)

Mvh Peder Wirstad

  • 0
  • 0

Det er dog interessant at der skal hentes hjælp fra Kina.

mvh Jan

Det må man sige. Samme BGI er partner i et projekt med danskernes arvemasse som tidligere har været omtalt her og en række andre ambitiøse projekter. For to år siden søgte de partnere bl.a. i Danmark fordi de havde bestemt sig for at sekventere 1000 arter og åbenbart var ved at løbe tør for ideer til hvilke. Det er ikke fordi kineserne har opfundet en ny fantastisk teknologi. De har simpelhen bare investeret i faciliteterne. Masser af 3G sekventeringsudstyr, supercomputere og selvfølgelig en masse bioinformatikkere.

Det kunne vi også have haft, evt. fælles europæisk, hvis vi virkelig ville "videnssamfundet".

  • 0
  • 0

kommunister

Peder, de fleste kommunister var banale kriminelle som kun kunne blive ved magten ved at myrde modstanderne. Hvis de havde nogen legitimitet var det at de hadede e.g. Tzaren, men du tilskriver dem at ville folket det godt.

Min kones bedstemor kom i Gulag for at give to brød til en familie med syv børn. Hun arbejdede i et brødudsalg og der var lidt tilovers. Dit udsagn om kommunisternes gode hensigter er helt i skoven, så er selv ham Josef Fritzl jo et godt menneske.

  • 0
  • 0

Og Nixon var en gemen kriminel, ergo er alle publikanere i USA kriminelle. Intelligent ræsonnement!

På den anden side - det ville ikke overraske mig :)

  • 0
  • 0

Denne nyhed handler om en bakterie og det er indholdsmæssigt en alvorlig sag.

Alm. politisk mudderkastning er så langt off topic, at vi ikke vil acceptere det. Det skal stoppes nu.

Tilbage til emnet.

  • 0
  • 0

Denne nyhed handler om en bakterie og det er indholdsmæssigt en alvorlig sag.

Alm. politisk mudderkastning er så langt off topic, at vi ikke vil acceptere det. Det skal stoppes nu.

Tilbage til emnet.

Pardon my french:

Vi har ikke tid til det her pjat. Raket-forsøget har prioritet nu. Debattører der overser eller misforstår dette budskab bliver lukket ned (indtil vi evt. har tid at lukke dem op igen).

  • 0
  • 0

....agurkesag, og forøvrigt i lignende sager, er der en information der mangler....tilsyneladende fordi det skulle være evident hvor denne bakterie befinder sig på agurken.

Befinder denne bakterie sig på overfladen eller er den inde i agurken???

  • 0
  • 0

Hvis den skulle være trængt ind i agurken, er vejen fra rødderne udelukket, det er bakterien for stor til. Åbningen ved stomata er mere end teoretisk. Tilbage er indlejring ved sprøjtning af planten i blomst med urent vant? Så skulle der være flere forurenede agurker.

Der mangler en fuldstendig udelukkelse af et "uheld" i transport/pakning. Alternativt mangler udelukkelse af forurening af grøntterminalen, ligesom forurening ved tilberedning mangler.

Derfor taler de i Tyskland om de har været for hurtige til at forfølge det "Spanske" spor som eneste kilde. Men vi kan kun håbe på at deres kontrol vil kunne fange dette fremover.

  • 0
  • 0

SSI afviser at der skulle være tale om en ny type, de siger de har set den flere gange men ikke i et så kraftig udbrud.

  • 0
  • 0

Engang var dette et biologisk-højteknologisk våben, der kunne udrydde mange potentielle fjender! Kan den nye dræbe-r bakterie være et "uheldigt" udslip af et tilsvarende koncepts resultat?

  • 0
  • 0

Danske agurker er frikendte ? Spanske agurker er frikendte ? Tyske agurker er frikendte ?

Lad os holde os til de danske: Hvor mange prøver er der taget og ud af hvor stor en produktion ? Fra hvor mange producenter ud af hvor mange ? Er der nogen der har et bud ?

Så kan man sætte sandsynlighed på frikendelsen ! (Den er ikke høj). Man kan kun med 100% sige, at prøverne var harmløse.

Konspirationsteori: Det er Gaddafis agenter, der har været ude med riven som tak for de mange bomber. Det har han jo før gjort !

Kære Rolf Ask Clausen, der er ingen politisk mudderkastning her. Oprindelig vedtog samtlige politiske partier at bombe.

  • 0
  • 0

Hvordan tilbereder man en agurk?

Jeg kender kun til agurkesalat, hvor den måske svagt opvarmes i lidt eddike og sukker..

  • 0
  • 0

I de sidste 20 dage er ca. 20 danskere blevet smittet. Heraf kan ca. 10 tilfælde ikke umiddebart henføres til Tyskland.

Antages at 10% af danskerne indtog agurker til 2 ud af 3 daglige måltider, så svarer det til 1 tilfælde ud af 2 mio. agurkemåltider.

[b]Sandsynligheden for infektion er derfor 0,00005 % pr. måltid.[/b]

Og måske er det slet ikke agurker !

  • 0
  • 0

"Bakteriens genom har en størrelse på omkring 5.2 Mb og den nye E.coli stammes gensekvens er blevet uploaded til NCBI (SRA No: SRA037315.1) og kan også hentes her: ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/Ecoli_TY-2482."

5,2 Mb - vil det sige 5,2 millioner "basepar"? Hvor stort er det humane genom og virus (fx influenza eller herpes) genomer udtrykt på tilsvarende måde?

Og så virkede linket ikke.

  • 0
  • 0
Bidrag med din viden – log ind og deltag i debatten