Håndholdt gen-afkoder kan stoppe tæppebombning med antibiotika
more_vert
close

Få de daglige nyheder fra Version2 og Ingeniøren. Læs mere om nyhedsbrevene her.

close
Ved at tilmelde dig accepterer du vores Brugerbetingelser, og du accepterer, at Teknologiens Mediehus og IDA-gruppen lejlighedsvis kan kontakte dig om arrangementer, analyser, nyheder, job og tilbud m.m. via telefon og e-mail. I nyhedsbreve, e-mails fra Teknologiens Mediehus kan der forefindes markedsføring fra samarbejdspartnere.

Håndholdt gen-afkoder kan stoppe tæppebombning med antibiotika

Patienter med urinvejsinfektioner (blærebetændelse) kan se frem til hurtigere og mere præcis behandling ved brug af den fremadstormende gen-afkoder MinIon.

Forsøg på det britiske University of East Anglia (UEA) har nemlig vist, at MinIon opdager infektioner fire gange hurtigere end den nuværende metode, hvor patienter må sidde på toilettet med stikkende smerter og vente op til to dage på, at lægerne har groet en bakteriekultur fra deres urinprøve. Imens vokser risikoen for, at infektionen spreder sig til blodbanerne.

MinIon har også den fordel, at afkoderen fortæller lægen, hvilken type antibiotika der passer bedst til patientens bakterier. Dermed kan lægerne undgå den tæppebombning med antibiotika, der er skyld i, at urinvejsinfektioner er blandt de hyppigste årsager til, at vi spiser antibiotika.

»Hurtigere resultater gør det muligt at forbedre en patients behandling meget tidligere i forløbet- og det er godt for patienten, der får den rette antibiotika, og for samfundet - som bedre kan holde styr på sin begrænsede mængde antibiotika,« siger Justin O’Grady, forsker ved UEA´s Norwich Medical School i en pressemeddelelse.

MinIon kan tages med i tasken og afkode gener i regnskoven eller i sygdomsramte landsbyer. (Foto: Oxford Nanopore Technologies Illustration: MinION

Brugere hjælper med at sænke fejlrate

MinIon er dog ikke helt klar til brug i lægepraksis, men det er tæt på. Endnu kan gen-afkoderen ikke afsløre infektioner i et tidligt stadie, men kun bakterier i urin, der er meget inficeret. Men forskerne føler sig overbevist om, at teknologien udvikler sig så hurtigt, at det problem snart er løst.

MinIon er faktisk heller ikke på markedet endnu, selvom enheden bliver brugt over hele verden til alt fra at måle virus og gener i Afrika til at undersøge biodiversiteten i en nationalpark i Maine i USA. Men det har sin forklaring.

Læs også: Mobil dna-afkoding har succes i Afrika - nu skal den ud i rummet

Producenten Oxford Nanopore Technologies har nemlig valgt at udvikle den i samarbejde med udvalgte brugere, som netop dem på UEA. Det sker gennem det såkaldte MinION Access Programme (MAP), som brugerne køber sig adgang til, og løbende uploader resultater til. Producentens bioinformatikere bruger så resultaterne til at foretage ændringer, der hele tiden bringer fejlraten ned.

Læs også: Dna-afkoder på størrelse med cigaretpakke varsler ny æra

Ligesom andre gensekventeringsmaskiner, såsom verdens førende producent Ilumina, laver MinIon nemlig ofte fejllæsninger af gensekvenserne. Faktisk er der fejl i mellem 5 og 30 procent af læsningerne. Men det er slet ikke usædvanligt eller et særlig højt tal. Problemet for MinIon er bare, at fejlene ikke sker tilfældigt, men optræder på præcis samme måde for hver gang en ny dna-streng bliver aflæst. Og i modsætning til Illuminas maskiner, så kan man ikke bare rydde ud i fejlene ved at gentage den samme læsning igen og igen. Så fejlprocenten skal ned.

En stor fordel ved MinIon er dog, at afkoderen producerer lange sekvenser af afkodet dna, såkaldet lange reads, og det er en fordel når eksempelvis en bakteries genetiske kode skal sættes sammen. Forskellen mellem lange og korte reads svarer til forskellen mellem at samle et puslespil med 1.000 små brikker eller et med 10 store brikker.

Oxford Nanopore er lige på trapperne med at sende MinIon på markedet. Prisen ventes at blive 1.000 dollars (6.500 kroner) for gen-afkoderen og et startsæt med flow-celler, software osv. Derefter sælger Oxford Nanopore løbende flow-celler i pakker. Et krav for købet er, at man tilmelder sig MAP-programmet, skriver Genomeweb.

sortSortér kommentarer
  • Ældste først
  • Nyeste først
  • Bedste først
Bidrag med din viden – log ind og deltag i debatten