Forskere vil kortlægge menneskets bakterier

Vores viden om menneskekroppens bakterier og deres betydning vil tage et gigantisk skridt frem, når to nystartede projekter kommer rigtigt i gang.

Det ene er det amerikanske Human Microbiome Project. Deres mål er at finde og karakterisere samtlige bakterier på og i mennesket. Det gør de ved hjælp af DNA-sekventering, hvor man opbygger et billede af hver bakteries DNA.

Det er en slags menneskebakteriernes udgave af The Human Ge­nome Project. Den viden, man får, er ikke umiddelbart brugbar, men er et nødvendigt grundlag for videre forskning.

Det europæiske MetaHIT-projekt stiler mere direkte mod at komme frem med brugbare data. MetaHIT undersøger kun mavens bakterier, men til gengæld undersøger de ikke kun de tilstedeværende bakterier, men også hvert bakteriegens aktivitet.

Projektet har mange danske forskere i en central rolle. Center for Biologisk Sekvensanalyse, CBS på DTU, skal måle, hvor meget bakterierne bruger deres gener. Professor Søren Brunak er centerleder på CBS og hovedperson i denne forskning:

»Vores mål er at lave en chip, der kan give et billede af hovedparten af bakterier i en patients mave, og ikke bare hvilke bakterier, men også, hvor aktive de er,« forklarer Søren Brunak.

Nye behandlingsmuligheder

Ved at sammenholde dette billede af den enkelte patients øjeblikkelige bakterieaktivitet med raske personers normale bakterieaktivtet, kan man få et godt billede af sammenhængen mellem bakterier og forskellige sygdomme - og dermed selvfølgelig også nogle helt nye muligheder for behandling.

Men forskerne står over for en gigantisk opgave. En typisk bakterie kan have 4.000-6.000 gener og man har ikke nogen sikker viden om, hvor mange forskellige bakterier der er i maven.

Human Microbiome Project regner med at skulle karakterisere omkring tusinde bakterier, men Martin Blasers hudundersøgelser tyder på, at antallet kan vise sig at være langt højere.

»Vores formodning er, at vi skal håndtere omkring to millioner gener,« er Søren Brunaks bud på dette spørgsmål - men det er kun en formodning indtil videre.

Hvis formodningen holder, vil det være muligt at lave en enkelt microarraychip, som vil være i stand til at skelne alle de fundne bakterier fra hinanden.

Derfra burde der ikke være langt til en specialiseret chip, der kan bruges i almindelig klinisk brug. Noget som Torkel Wadström har store forventninger til.

»60-70 procent af bakterierne i maven kan ikke dyrkes i laboratorier, så denne type analyse bliver overordentlig vigtig for at forstå mavens bakterier. Desuden åbner det for omfattende undersøgelser af sammenhængen mellem vores sygdomme og bakterierne,« forklarer han.

Sådan en chip vil være klar om tre til fire år, hvor det så formentlig vil blive almindeligt at få lavet en fuld bakteriefloraanalyse, når man går til lægen.

Emner : Bakterier