Forskere: Hovedløs gensekventering er spild af ressourcer
more_vert
close

Få de daglige nyheder fra Version2 og Ingeniøren. Læs mere om nyhedsbrevene her.

close
Ved at tilmelde dig accepterer du vores Brugerbetingelser, og du accepterer, at Teknologiens Mediehus og IDA-gruppen lejlighedsvis kan kontakte dig om arrangementer, analyser, nyheder, job og tilbud m.m. via telefon og e-mail. I nyhedsbreve, e-mails fra Teknologiens Mediehus kan der forefindes markedsføring fra samarbejdspartnere.

Forskere: Hovedløs gensekventering er spild af ressourcer

Trods sekventeringen af næsten 3.000 bakteriearter og 50 millioner gener kan forskerne i mange tilfælde slet ikke svare på det helt konkrete spørgsmål: Hvilke er sygdomsfremkaldende, og hvilke er ikke?

Påstanden kommer fra forskerne Jan Baumbach og Eudes Barbosa fra Institut for Matematik og Datalogi på Syddansk Universitet, der har analyseret genomer fra de seneste 20 års sekventering af bakterielt dna.

»Problemet er, at vi i stigende grad finder de samme slags gener overalt hos både sygdomsfremkaldende og ikkesygdomsfremkaldende bakterier. Derfor kan vi ikke skelne mellem dem,« siger Jan Baumbach, der sammen med en række andre forskere fremfører kritikken i Oxford Journals.

Jan Baumbach. (Foto: Ricky Molloy/SDU) Illustration: Ricky Molloy/SDU

Foruden de allerede sekventerede bakterier er 24.000 sekventeringsprojekter i gang på bakterier, og dertil kommer sekventering af andre organismer fra dyre og planteriget.

Vi står over for et paradigmeskift

Men ifølge forskerne kan sekventeringen intet sige om mikroorganismers interaktion med deres omgivelser, hvordan de inficerer deres værter eller ændrer deres molekylære programmer alt efter miljøet. De enkelte gener er som farvede brikker i et puslespil uden information, eller som ph.d.-studerende Eudes Barbosa forklarer.

»Det svarer til at opklare et flystyrt. Farven på flyet betyder ikke noget. Det afgørende er at afsløre de parallelle sekvenser af aktiviteter, der førte til ulykken,« siger han.

Ifølge forskerne står vi over for et paradigmeskift inden for gensekventering, fordi vi får stadig mindre værdi ud af hvert nye gen, vi sekventerer.

»Da vi sekventerede de første ti bakteriegenomer, var værdien af den nye viden enorm. Nu er vi nået til 3.001, 3.002, og her er værdien meget lav,« siger Jan Baumbach.

Vær ligeglad med bakterien – kig på dens våben

Ifølge ham går udviklingen mod, at vi nu leder efter de gener, der kommer til udtryk fra f.eks. kræftceller, for at kunne skræddersy en behandling. Det samme gælder ved en mellemøreinfektion.

»Vi bør være ligeglade med, hvilken bakterie der sidder i øret, men se på, hvilke våben den bruger. Våbnene skal sekventeres, så vi kan bruge den rette medicin,« siger han.

Netop de nyeste NGS-teknologier (Next Generation Sequencing) kan bruges til at låse op for viden om, hvordan generne kommer til udtryk. Jan Baumbach peger især på de såkaldte RNA- og mRna-sekventeringsteknikker.

sortSortér kommentarer
  • Ældste først
  • Nyeste først
  • Bedste først

Der er mellem 60 og 100 bakterier parasitter og virus som er eller kan være sygdomsfremkaldende. Spørgsmålet er om det er egenskaber ved den sygdomsfremkaldende agens eller det er egenskaber hos mennesket der gør det til sygdomsfremkaldende. Eller sagt på en anden måde, det er menneskets reaktion for det fremmede agens som gør at det er sygdomfremkaldende. Botulinus og tetanus har gifte som påvirker musklerne, pneumococ og TB fremkalder reaktioner som ødelægger væv (mest lungerne), de hæmoragsike febertyper som Ebola og i mindre grad Dengue ødelægger det fint justerede koagulations system.
Vi har så mange fintjusterede systemer som let kan bringes i ubalance af xenobiotica.
Bruger vi dette billede over for plantevækster, så er der en lang række som vi spiser med fornøjelse nogen som ikke er specielt værken for eller imod og nogen som er giftige. De giftige er ikke giftige på en måde, men på mange forskellige måder.
Krydderier er i princippet planter der har udviklet et giftstof som beskytter planten, men som vi trives godt med.

  • 4
  • 0
Bidrag med din viden – log ind og deltag i debatten