DTU-metode skal ramme resistente bakterier mere præcist

Resistente bakterier er den helt store gyser i hospitalsmiljøerne, og al unødig brug af antibiotika bliver på det kraftigste frarådet.

DTU Biostain håber nu med forfinede sekventeringsmetoder at kunne lure bakterierne så meget af, at antibiotika stadig virker, når det skal – men uden at lave ulykker andre steder.

Det fortæller professor Morten Sommer, som har arbejdet med dette område i en årrække.

Han interesserer sig særligt for bakteriernes resistensgener, og her taler vi ikke kun om de sygdomsfremkaldende bakteriers resistensgener, for de kan også sidde i tarmens ’gode’ bakterier, hvorfra de kan smitte ’onde’ bakterier, så de giver problemer senere.

»Vi ved, at gener bliver udvekslet mellem bakterierne i tarmen, men ikke præcist hvordan det foregår, da feltet er meget nyt. Alene viden om, at det sker, kan dog hjælpe til en bedre behandling,« fortæller Morten Sommer.

Metoden foregår ved hjælp af et håndholdt dna-sekventeringsapparat fra Oxford Nanopore Technologies, kaldet MinION.

Når først forskerne eller lægerne har identificeret resistensgenerne i laboratoriet, føres den ene af de to dna-strenge fra genets dna gennem maskinen, hvor de elektriske impulser bliver læst. Disse impulser kan bliver overført til en algoritme, som herefter kan give lægen et overblik over, hvilke resistensgener der specifikt er tale om.

»På længere sigt er håbet, at den viden kan bruges til at guide lægen til, hvilken type antibiotika der er bedst at bruge, når visse gener optræder i mikrobiomet (vores samlede genmasse i bakterier og vira, red.),« siger Morten Sommer.

To veje at gå

Det vil stadigvæk være lægerne, der står med den endelige beslutning, for den kan gå to veje, understreger Morten Sommer.

Enten vurderer man patienten så syg, at man giver den fuld skrue med det antibiotika, der virker bedst i det givne tilfælde, for at ramme alle gener - med risiko for udveksling af resistensgener mellem bakterier.

Eller også går man lidt mere forsigtigt til værks ved specifikt at udvælge antibiotika, der ikke rammer de sunde tarmbakterier, som vi har brug for, når vi skal komme os efter sygdom.

»Er der tale om en relativt ukompliceret infektion, er man mere interesseret i at skåne de gode bakterier, og forhåbentligt kan en sådan analyse en dag blive rutine blandt lægerne,« siger Morten Sommer, som dog mener, at der er et stykke vej endnu.

Han håber, at den lave pris på MinION-apparatet kan hjælpe tingene lidt på gled, da den kan erhverves for ca. 7.000 kroner. Desuden kan det endelige resultat ved hjælp af DTU-analysemetoden, som de kalder poreFUME, fås inden for halvandet døgn, hvor det i dag kan tage mange dage, fordi bakterierne fra patienten først skal dyrkes, fortæller professoren.

»Der er brug for mange strategier for at mindske antibiotikaresistens, og dette er blot en komponent på vejen til at kunne træffe mere rationelle beslutninger,« understreger Morten Sommer.

Resultaterne er publiceret i tidsskriftet Nuclear Acid Research.