DTU-algoritme sporer oversete kræftkilder på blot to dage

TumorTracer er en algoritme, som sporer kræfttumorers udspring ved hjælp af mønstergenkendelse. Illustration: DTU Systembiologi

Kræft behandles mest effektivt ved sygdommens udspring. Men den bliver som regel først opdaget de steder, den har spredt sig til.

En ny algoritme, udviklet af forskere på DTU Systembiologi, skal nu hjælpe lægerne med at spore, hvor kræften startede, inden den begyndte at sprede sig. For det er ikke altid, lægen umiddelbart kan se det, fortæller ph.d.-studerende Andrea Marquard.

»I cirka hvert tyvende tilfælde kan lægen ikke finde kilden, så vores idé var at prøve at opspore kræften ved hjælp af viden om cellernes dna og om deres mutationer. Det er i høj grad lykkedes,« siger hun.

Læs også: Genforskere: Hellere belønne motion end bruge dna-test til forsikringspolicen

Metoden baserer sig på gensekvenser fra 5.000 tumorer, hvor man har kendt til både kilde og mutationer. Via mønstergenkendelse kan algoritmen, som de kalder TumorTracer, nu finde frem til de sekvens-rækkefølger, der lægger sig bedst op ad lægens vævsprøve.

På den måde kan algoritmen så at sige ’regne tilbage’ i mutationerne og se, hvor et typisk startpunkt eller startpunkter kunne være. Så ville lægen om ikke andet få et langt bedre værktøj til at begynde sin eftersøgning, forklarer Andrea Marquard.

»Mange undersøgelser er både dyre og invasive, og man kan jo ikke skære en patient op alle vegne. Her får lægerne forslag til specifikt væv, de kan foretage ekstra undersøgelser på,« siger hun.

Læs også: Spis en pille og se om du har kræft

Forskerholdet har afprøvet metoden på flere hundrede prøver, hvor man har kendt spredningsforløbet, og den har vist sig meget præcis. Helt præcist har den kunnet afgøre kilden med 85 procents nøjagtighed.

Det er ifølge Andrea Marquard godt nok, og træfsikkerheden vil formentlig blive større i takt med at databasen bliver udbygget. I øjeblikket indeholder den oplysninger fra ti hyppige kræftformer, men vil i næste version få fem typer mere med.

Mere skånsomt for patienten

At kende kilden til den spredte kræft har stor betydning for det videre forløb, fordi hver sin type kræft kan have gavn af hver sin type behandling.

Kender man ikke kilden, er lægen nødt til at gå mere drastisk til værks med en hel cocktail af kemoterapi for at øge sandsynligheden for at få ram på kræften. Kan man snævre feltet ind, vil det være mere skånsomt for patienten.

Læs også: Forskere udvikler ny test: Simpel blodprøve kan afsløre kræft

Næste skridt for forskergruppen på DTU Systembiologi er at afprøve metoden på aktuelle patienter, hvor lægen har svært ved at finde primærtumoren. Systemet er optimeret til at kunne give et resultat i løbet af to dage, men forskerne forventer, at denne tid kan bringes ned, efterhånden som gensekventeringer kan foretages hurtigere.

På et senere tidspunkt regner forskerne også med, at metoden kan kobles op mod en almindelig blodprøve, hvor frie kræftceller i blodet kan spores. Ifølge Andrea Marquard vil dette dog kræve dybere sekventeringer end ved biopsi-metoden.

»Analyser i blodet vil kræve, at man læser dna-sekvenserne mange gange, måske 1000 gange, for at være sikker på at finde de små bitte spor af tumor-dna. Det har indtil nu været for dyrt at gøre, men muligheden er ved at åbne sig,« siger Andrea Marquard.

Emner : Sygdomme
sortSortér kommentarer
  • Ældste først
  • Nyeste først
  • Bedste først

Så et program om hunde der kan snuse sig til kræft hos mennesker. Hvis det er sandt, må screening kunne ordnes på meget kort tid, og mistanke kan undersøges med biopsier som analyseres med den nævnte artikel. Samlet set burde hele undersøgelsesprocessen forkortes enormt og forebyggelsen af alvorlige kræfttilfælde kunne forbedres tilsvarende og drt hele uden øgede omkostninger, blotmere effektivt.

  • 1
  • 2

Jeg har kendskab til ét enkelt tilfælde af kræft, hvor tumorer udviklede sig i væv, der (mange år) tidligere havde været beskadiget. Er der nogen forskning, der ser på denne mulighed?

  • 0
  • 0
Bidrag med din viden – log ind og deltag i debatten