Boblerne er vanddamp der forlader det kogende vand. Det sker lettest ved at dampen har et nukleeringspunkt (en "urenhed") hvor dampen kan få fat og blive til en boble. Smider man en (te)ske i gryden sker det samme omend i mindre grad, da den ru æggeskal har et meget større overfladeareal end en ske.

Michael Eriksen har fuldstændig ret...

Har det ikke noget at gøre med at ved simrekogning er vandet ikke 100 grader, ægget isolerer, så ved berøringsfladen mellem æg og gryde kommer vandet op på kogepunktet, og der kommer bobler. Skeen isolerer ikke i samme grad.

Jeg gætter på at hvor der ikke er noget æg, kan vandet nemmere cirkulere hvorved køligere vand kommer til og varmere vand føres væk.
Hvor der er et æg tæt på den varme bund hindres cirkulationen således at det varme vand ikke så nemt føres væk. Derved kommer vandet over kogepunktet lige på dette sted.

Det må foriøvrigt kunne afklares med et lille eksperiment.
Smid en spiseske i gryden med den runde del nedad. Den har omtrent samme form som et æg.
Hvis der kommer lige så mange bobler som ved et æg, så må det være "termik" der er årsagen.
Hvis der kommer færre bobler som ved et æg, så må det være "nukleering" der er årsagen.

Husk at adskille mellem vanddamp og gas. Ægget er jo porost og indeholder en del (opløst) gas som udskilles når ægget varmes op. Vandet indeholder også opløste gasser. Det sjove - i forhold til bobledannelse - er at hvis en lille bitte boble først er dannet enten af nukleieret vand/damp eller som resultat af gas der går ud af opløsning, så vil denne boble (som initialt ikke behøver at være mere end 50-100um stor) "spise" omkringliggende opløst gas og derved vokse sig større og større.

Bobledannelse og deres efterfølgende transport gennem en given (opvarmet!) væske er et komplekst fagområde ;-)