Det er ikke så længe siden at vi alle sammen blev bedt om at bidrage til projekter som seti@home, folding@home og rosetta@home hvor store beregninger distribueres til alle de almindelige computeres CPU’er der ellers står og laver ingenting det meste af tiden. Selv om computerkraft bliver billigere hele tiden eksisterer der stadig problemer hvor denne er den begrænsende faktor, og disse virtuelle supercomputere var en særdeles smart løsning for de problemer der kan deles op i små pakker.

Det nye er at vi bliver bedt om at bidrage med vores menneskehjerner i stedet for bare vores CPU’er. Spillet fold.it er et eksempel på dette. Det går ud på at folde en kæde af aminosyrer til et protein ved at bringe ladede sidekæder tæt på hinanden, danne disulfidbroer og pakke de hydrofobe sidekæder mod hinanden så de ikke er i kontakt med det omgivende vand. Alt sammen principper der er involveret i proteinfoldning.

Men hvorfor er det nødvendigt, og hvorfor er det overhovedet brugbart, at en flok ”almindelige mennesker” sidder og folder proteiner på skærmen?

Forudsigelse af proteiners struktur ud fra sekvensen af aminosyrer er et indviklet problem, blandt andet pga. det store antal mulige konformationer en kæde af måske mange hundrede aminosyrer kan antage – i et klassisk eksempel sammenlignes foldningsprocessen med en abe der taster tilfældigt på en skrivemaskine. Hvor lang tid går der før aben tilfældigvis skriver en linie fra Shakespeare? Og hvor længe før den tilfældigvis taster Shakespeares samlede værker? Helt så tilfældig er proteinfoldning ikke, da det foregår ned ad bakke i et energilandskab hvor proteinets overordnede struktur kommer på plads tidligt i processen, men det er til stadighed en proces der er svær at beregne, især for store proteiner (dette gælder ab initio beregning, for retfærdighedens skyld skal det nævnes at homologi-baseret forudsigelse, altså forudsigelse hvor man kan støtte sig til et protein med en kendt struktur, der har en sekvens der ligner den man interesserer sig for, er langt mere succesfuld).

Fælles for alle forsøgene på forudsigelse af proteinstruktur er at de foretages ved computerberegninger. Men der er faktisk en ting mennesker er bedre til, og det er at kigge på ting i 3 dimensioner, og sige hvilke former passer sammen. Det er netop det spillet fold.it går ud på.

Ifølge radioprogrammet Studio 360 er nogle af de bedste spillere en 13-årig dreng fra Virginia, og en mand fra Arizona der lever af at bygge sikkerhedssystemer til private hjem. Derimod er initiativtageren David Baker, som er professor i biokemi ved University of Washington, ret dårlig til det. De egenskaber der gør nogen dygtig til spillet er altså ikke en stor viden om biokemi!

Jeg har desværre ikke selv spillet FoldIt. Versionen til mac kører kun på Intel OS X 10.4 og senere, så der kan min bulede PowerBook G4 ikke være med. Jeg håber snart at komme i besiddelse af noget nyere – så får jeg også endnu et af de medfølgende klistermærker der får mig til at ønske at jeg havde en Prius eller Cooper Mini, for jeg kan altså ikke få mig selv til at klistre det på vores bulede beige Camry. Det ville sende et blandet signal. Til nød på en gammel Volvo. Nå, tilbage til sagen.

Jeg har bidraget med min menneskehjerne til et andet projekt, GalaxyZoo. Dette projekt går ud på at klassifikere galakser, en billedgenkendelsesopgave som computere ikke er gode til. Vi mennesker, med vores neocortex der elsker at genkende former, er til gengæld ret gode til det. Selv om jeg ikke er astronom kan jeg sagtens sige om en galakse har spiralarme, og hvor mange der mon er. Mange af galakserne ser ret kedelige ud, men en gang imellem kommer der en belønning såsom denne her:

Billede fra GalaxyZoo

Men ud over at disse projekter bærer lønnen i sig selv for de mange frivillige deltagere, så er der også noget vigtigere på spil. De fører, forhåbentligt, til forskning der ikke kunne have ladet sig gøre ellers, men endnu vigtigere er det efter min mening at disse projekter drager de mange fritidsforskere, eller ”citizen scientists”, tættere til forskningen. Og her mener jeg ikke de tilsyneladende forkromede resultater medierne til tider dækker, men selve forskningsprocessen. En proces der foretages af mennesker, og som involverer disse menneskers bedste skøn og beslutninger, og som derfra er langtfra ufejlbarlig.