De supermoderne glasinddelte laboratorier i det nye Center for Proteinforskning (CPR) på Københavns Universitet er nu godt befolket af forskere, der skal skaffe ny viden om de flere hundrede tusinde unikke proteinversioner i mennesket.

Den viden kan gøre stor gavn i forbindelse med udvikling af medicin - næsten alle lægemidler er nemlig i dag proteiner eller kemiske substanser, der påvirker proteinerne i kroppen, da det er proteinerne, der f.eks. er afgørende for udvikling af kræft.

CPR's direktør Michael Sundström påpeger eksempelvis, at mange af de medicinkandidater, der bruges milliarder på at udvikle, aldrig når frem til markedet, fordi de viser sig ikke at have nogen effekt.

»Det fortæller, at udviklerne ikke har haft nok data til at kunne vurdere ordentligt, hvilken type proteintargets de skulle sigte mod, men det håber vi, at vores forskning kan hjælpe på,« siger Michael Sundström.

De mere end 150 forskere ved CPR skal bl.a. arbejde med proteinproduktion og -karakterisering samt finde sammenhænge mellem sygdomme og proteinernes signaler, interaktion og mutationer under forskellige tilstande. Alt sammen viden, som kan bruges i udviklingen af ny medicin.

At nå så vidt omkring kræver en samling af flere forskellige faggrupper, hvilket den historisk store donation på 600 mio. kr. fra Novo Nordisk Fonden til centret har gjort muligt.

»At få dette integrerede forskningsmiljø er afgørende for, hvor effektivt vi kan bedrive forskningen, og det giver os store konkurrencefordele i forhold til den traditionelle europæiske model, som bygger på decentralisering og netværk, hvilket gør daglig kontakt, interaktive diskussioner og integreret arbejde meget svært,« siger Michael Sundström.

Netop samarbejde og interaktion har været omdrejningspunktet for indretningen af de nyrenoverede 4.500 kvm. af centret på Panum.

Søren Brunak - ny leder for afdelingen for sygdomssystembiologi på CPR og fortsat professor og leder af Center for Biologisk Sekvensanalyse på DTU - påpeger, at de bl.a. har sørget for mødelokaler, videokonferencemuligheder, et åbent miljø osv.

»For mig har det betydet meget, at vi har lavet nogle fysiske rammer, der understøtter tværfaglige samarbejder. Der er altid for få møderum i forskningscentre, men forhåbentligt ikke her. Når der er en så multidiciplinær cocktail af bioinformatikere, eksperimentalister, biologer, sygdomseksperter osv. kræver det altså også, at man kan mødes,« siger han.

Faciliteterne er ekstraordinære i den danske forskningsverden - 'hvad enhver forsker drømmer om,' som flere besøgende sagde ved åbningen. Minimalistisk og lyst krydret med kunstneren Erik Steffensens lilla, grønne og orange glasvægge.

Søren Brunaks gruppe er kommet på den midterste af centrets tre etager, så alle nemt kan komme til den. Gruppens store computerkraft og sans for analyser kan nemlig komme alle de andre forskere til gode.

Gruppens nye supercomputere er blevet placeret på DTU, hvor Søren Brunak i forvejen har sine andre kraftige computere. En lynhurtig internetforbindelse gør afstanden mindre og understreger, at det nye center ikke starter fra bunden inden for bioinformatikken, men samarbejder tæt med DTU, så al den data, kraft, erfaring og viden, der allerede er opbygget på området bliver udnyttet.

Bl.a. skal det udnyttes sammen med den førende proteinforsker, professor Matthias Mann, der skal lede proteomicsafdelingen på CPR og samtidig fortsætte som direktør for Max Planck Instituttet ved München.

Forskernes mål er bl.a. at kortlægge præcis hvordan proteiner opfører sig under celledelinger; hvilke proteiner der er aktive, vekselvirker og kommunikerer hvornår.

Søren Brunak fremhæver, at der ikke er blevet givet køb på muligheden for at få et center med virkelig høj prestige.

»De folk, vi har ansat, er top notch, og vi har sagt nej til mange, fordi de fagligt eller kvalitetsmæssigt ikke passede ind,« siger Søren Brunak.

Samtidig har det været en strategi at få de absolut bedste unge forskere med udviklingspotentiale samt at hente de bedste danskere hjem igen.

En af dem, der er blevet lokket hjem, er professor Jesper Velgaard Olsen, der skal være gruppeleder i afdelingen for proteomics. Han arbejdede ellers på Max Planck Instituttet.

Han fremhæver det, at centret er så nyt og opfordrer til samarbejde, som årsager til, at han kommer tilbage.

»Når vi mange unge innovative folk med hver vores kompetencer bringer vore hoveder sammen, skulle vi gerne kunne finde på nogen ting, som vi ikke ville overveje eller tænke på enkeltvis,« siger Jesper Velgaard Olsen.

Han skal hovedsageligt arbejde med at analysere fosforylering - modifikationer, der kan bestemme, om proteinet skal være passivt eller aktivt i cellen. I forbindelse med cancer er det typisk disse reguleringer, der ikke længere er under kontrol.

»Vi håber at kunne finde nogle fosforyleringssteder eller proteiner, som man kan forsøge at angribe med nogle medikamenter,« forklarer han.

Og det skulle gerne blive muligt med noget af det nye udstyr, som også hjalp til med at trække ham hjem.

»Der er blevet indkøbt to af de allerseneste generationer af massespektrometre, som er ti gange mere følsomme og dobbelt så hurtige som den tidligere generation, som vi har arbejdet på i Tyskland, så vi forventer at få meget mere data på meget kortere tid,« siger Jesper Velgaard Olsen, der næsten ikke kunne være blevet lokket med noget bedre end centret.

»For os, der har været i udlandet og gerne vil vende hjem til Danmark, er det her det mest attraktive, man overhovedet kan forestille sig. Bl.a. pga. den rigtig gode funding, så vi ikke umiddelbart skal tænke på at søge penge for at komme i gang, men kan koncentrere os om forskningen.«

Forskerne på CPR vil komme til at søge penge, men mindre end andre, da de 600 mio. kr. grundlæggende kan holde centret i gang i ti år.

Men kommer sådan en frihed helt uden forbehold? Bliver det ikke svært at afvise Novo, hvis de skulle komme med forslag til forskningsprojekter?

Søren Brunak og Michael Sundström er ikke i tvivl: En del af aftalen er, at Novo ikke kan blande sig i centrets prioriteringer, og kommer de med samarbejdsforslag vil de blive vurderet på lige fod med alle andre.

Men der er stor taknemmelighed og respekt for fondens fremsyn.

»Det er ekstraordinært, at fonden sikrer et ti års perspektiv - de er klar over, at man ikke laver en Nobelpris på tre år,« siger Søren Brunak.

Fakta: De fire grupper hos cpr:
Core Facility for Biotechnology & Chemical Biology fremstiller, karakteriserer og oprenser proteiner i store mængder til forskere fra den akademiske verden, der indtil nu har været henvist til at betale tusindvis af kroner for at få fremstillet blot få milligram.

Department of Proteomics vil vha. massespektrometri og avanceret software analysere mange tusinde proteiner på én gang i syge og raske celler og væv, for at lokalisere proteiner.

Department of Disease Systems Biology bruger computere til bl.a. at studere hvordan proteinfejl fører til sygdomme. Arbejder både med det molekylære og med tekstanalyse af patientjournaler og videnskabelige artikler.

Ubiquitin Signaling, Department of Disease Biology studerer ubiquitin, for det ændrer proteinernes funktion og stabilitet, hvilket som regel fører til, at de efterfølgende nedbrydes, hvilket kan kædes sammen med bl.a. kræft.